Logbücher gehören zu den offiziellen Dokumenten eines Schiffs. Als die „Dannebroge“ explodiert, werden ihre Logbücher vernichtet. Erhalten geblieben ist lediglich ein kleines Logbuch vom großen Beiboot der „Dannebroge“, das über eine Reise von Kopenhagen nach Stubbeköbing vom 10. November bis zum 5. Dezember 1707 berichtet. Es ist ein einmal gefalteter Bogen Papier. Drei der vier so entstandenen Seiten sind komplett beschrieben. Da die „Dannebroge“ während der Friedensperiode 1700–1709 nicht eingesetzt worden ist, existieren keine weiteren Dokumente.