Seit seinem Antritt als Herzog von Schleswig-Holstein-Gottorf rechnet Friedrich IV. mit einem dänischen Angriff. Zu tief sitzt der Unmut der dänisch-norwegischen Könige über die Tatsache, dass Friedrichs Vater und Großvater die dänische Lehnshoheit über den Gottorfer Anteil am Herzogtum Schleswig abgeschüttelt haben, was Dänemark niemals anerkennen will.

Doch Friedrich IV. versteht sich als souveräner Fürst und rüstet sein Herzogtum militärisch auf, was Dänemark noch stärker provozieren muss. Um sich gegen den mächtigen dänischen Nachbarn zu behaupten, braucht Friedrich den Schutz einer Großmacht – Schweden. Die Heirat mit Hedvig Sofia untermauert das neue Bündnis Schweden-Gottorf. Diese Heirat nun irritiert den dänisch-norwegische König Christian V. erst recht, schließlich hält er bei dem Vater der Prinzessin, König Karl XI. von Schweden, im Vorwege für seinen zweiten Sohn Karl um ihre Hand – was Karl XI. zurückweist. Aus dänischer Sicht wir der „kleine“ Herzog also einem dänischen Prinzen vorgezogen.

Bei Ausbruch des Großen Nordischen Krieges steht Gottorf auf der Seite seiner Schutzmacht Schweden, mit dem es militärisch und familiär verbunden ist. Im Rang eines schwedischen Generals und als Befehlshaber der schwedischen Armeen in Norddeutschland erlebt Herzog Friedrich IV. die schwedischen Siege in der Anfangszeit des Krieges mit. Der dänische Angriff auf Gottorf im März 1700 endet für Dänemark-Norwegen in einem Desaster. Somit muss der dänische König im Frieden von Traventhal im August 1700 die Souveränität des Herzogtums erneut anerkennen. Danach scheidet Dänemark – vorerst – aus dem Krieg aus.

Doch dann fällt Herzog Friedrich in Schlacht von Klissow 1702. Den Untergang seines Herzogtums 1713–1714 noch das Ende des Großen Nordischen Krieges erlebt er somit nicht mehr.